Faktury w KSeF i poza KSeF. Firmy mają problem z księgowaniem

25.02.2026

Przedsiębiorcy muszą od 1 lutego utrzymywać różne systemy odbioru faktur, by wprowadzić je do jednej księgi. W obiegu pozostają zarówno faktury ustrukturyzowane wystawione w KSeF, jak i wystawiane drogą tradycyjną (przesyłane mailem lub papierowe). Problem powstaje, gdy nabywca otrzyma tę samą fakturę w KSeF oraz poza systemem. Trzeba uważać, by nie zaksięgować jej podwójnie. Według ekspertów doprecyzowania wymaga też kwestia awarii systemu logowania, w razie gdyby problemy z początku lutego miały się powtórzyć. Przepisy nie odnoszą się do tej kwestii.

Po 1 lutego w obrocie pozostają faktury wystawiane w różnych formach: faktury ustrukturyzowane w KSeF w formacie XML, faktury przesyłane drogą elektroniczną np. w formacie PDF oraz tradycyjne faktury papierowe.
Taki stan będzie obowiązywał co do zasady do końca 2026 r. Bezterminowo poza KSeF pozostaną faktury wystawiane przez podmioty zagraniczne nieposiadające w Polsce stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej.

Faktury w KSeF i poza KSeF

W praktyce firmy, które mają od 1 lutego obowiązek wystawiania faktur w KSeF, przyjmują różne rozwiązania dotyczące ich wystawiania oraz przekazywania kontrahentom. Zdarza się, że wystawiają faktury poza KSeF, mimo iż mają obowiązek wystawiania ich w systemie. Firmy handlowe natomiast unikają KSeF poprzez wystawianie tzw. faktur uproszczonych, czyli paragonów do 450 zł, które do końca 2026 r. pozostają poza systemem. Poza tym, mimo iż każdy nabywca powinien być od 1 lutego gotowy do odbioru faktur w systemie, to duzi sprzedawcy często przekazują nabywcom dodatkowo wizualizacje faktur, np. w postaci przesłanego mailem pliku PDF kodem QR. Dostawcy gazu i energii przekazują wizualizacje w eBOK, czyli elektronicznych biurach obsługi klienta. Sprzedawcy przyjmują takie rozwiązania na wypadek, gdyby nabywcy nie odbierali faktur w systemie, by uniknąć ryzyka, że faktura nie zostanie opłacona.

- Taka sytuacja może wywołać w praktyce duży chaos. Zdarza się, że odbiorcy otrzymują tę samą fakturę mailem oraz w KSeF albo otrzymują fakturę w KSeF i dodatkowo jej wizualizację mailem. Przedsiębiorcy mają wątpliwości co do księgowania dokumentów. Należy pamiętać, że jeśli faktura zostanie wcześniej przesłana mailem, to jest to pełnoprawna faktura. Natomiast wizualizacja jest obrazem faktury wystawionej w KSeF, nie osobnym dokumentem. Podstawowy problem polega jednak na tym, by wychwycić podobne sytuacje i uniknąć podwójnego zaksięgowania tej samej faktury. To może być trudne w okresie przejściowym, gdy przedsiębiorcy otrzymują dokumenty w różnych formach. Co więcej, zdarzają się sytuacje, gdy faktura w KSeF nie zawiera pełnych informacji, które znajdują się na fakturze wysłanej drogą mailową lub udostępnionej na portalu wystawcy faktury. Przykładowo faktury wystawione w KSeF przez dostawcę usług telekomunikacyjnych nie zawierały rat za sprzęt, przez co kwota do zapłaty była niższa niż na fakturze otrzymanej mailem – mówi Janina Fornalik, doradca podatkowy, partner w MDDP.
Joanna Rudzka, doradca podatkowy, zaznacza, że wprowadzenie obligatoryjnego KSeF okazało się testem dla producentów systemu oprogramowania.

- Sprawnie działający program umożliwia wychwycenie sytuacji, w której podatnik otrzymuje tę samą fakturę zarówno w KSeF, jak i poza systemem. Niestety praktyka pokazuje, że nie wszystkie programy radzą sobie z tym zadaniem. Po prawie miesiącu funkcjonowania obligatoryjnego KSeF można stwierdzić, że zadowolone z jego działania są generalnie duże firmy. Natomiast w małych firmach często panuje chaos, wynikający z otrzymywania faktur różnymi kanałami. Niekiedy dochodzi do wystawienia podwójnie tej samej faktury, co stwarza problemy zarówno dla sprzedawców, jak i nabywców. Jeszcze większy chaos panuje w jednostkach samorządu terytorialnego oraz w firmach wystawiających faktury na rzecz JST. Część programów do fakturowania nie ma pozwala na wypełnienie pola Podmiot3, co w praktyce bardzo utrudnia przyporządkowanie zakupów do jednostki podległej JST. Zdarza się też, że programy, które umożliwiają wypełnienie np. danych zakładu budżetowego, nie pozwalają już na podanie ID Wew - mówi Joanna Rudzka.

Pytanie o kwestie logowania

Od 14 lutego podatnicy mają też więcej możliwości logowania do KSeF – mogą to zrobić przez aplikację mObywatel, co wynika z rozporządzenia Ministra Finansów i Gospodarki z 13 lutego 2026 r. zmieniającego rozporządzenie w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur (Dz.U. 2026 poz. 169).

Powstaje jednak pytanie, czy kwestia problemów z logowaniem nie powinna być uregulowana pod względem prawnym.

Ministerstwo Finansów wyjaśnia w odpowiedzi na pytanie Prawo.pl, że problem dotyczy jednej formy logowania. - Mimo przejściowych trudności z Profilem Zaufanym, wciąż można logować się do KSeF przy użyciu innych metod autoryzacyjnych. Obecne niedogodności mogą dotyczyć jednej formy logowania. Krajowy System e-Faktur działa stabilnie – bez przerw od momentu uruchomienia 1 lutego. Warto zwrócić uwagę, że Aplikacja mobilna po powiązaniu z KSeF nie wymaga ponownego użycia Profilu Zaufanego – wyjaśnia resort.

- Należy mieć nadzieję, że wprowadzenie dodatkowej opcji logowania pozwoli zapobiec problemom podobnym do tych, które pojawiły się na początku lutego. Choć prawdziwą próbą systemu będzie początek kwietnia, gdy większość podatników zostanie objęta obowiązkiem wystawiania faktur w KSeF – mówi Janina Fornalik.

Jak wyjaśnia Szymon Raut, doradca podatkowy, partner w Paczuski Taudul, logowanie do KSeF za pomocą profilu zaufanego to najprostsza metoda dostępu do KSeF i nie powinien dziwić fakt, że ten sposób jest najczęściej wykorzystywany przez podatników – w efekcie jest najbardziej obciążony. Zatem w sytuacji, gdy on nie działa, podatnicy nie mogą wystawiać faktur za pośrednictwem KSeF i potrzebują szybkiej informacji, co w takiej sytuacji zrobić.

- Wyjaśnienia MF, że można skorzystać z innych opcji logowania są jak najbardziej racjonalne, niemniej na dłuższą metę nie rozwiązują problemu. Podatnik ma swobodny wybór, z jakich metod może skorzystać i cały czas powinna być zapewniona ciągłość funkcjonowania profilu zaufanego. Brak jest bowiem w przepisach o VAT regulacji, która przewiduje, że w sytuacji braku dostępu do KSeF za pomocą jednej metody należy skorzystać z innej dostępnej – mówi Szymon Raut.

- Dlatego też MF powinno rozważyć opracowanie komunikatów, czy to w Biuletynie Informacji Publicznej, czy to na swoich stronach, jak postępować w przypadku awarii profilu zaufanego. Jednocześnie nie uważam, że kwestia ta powinna być przedmiotem kolejnych regulacji w ustawie o VAT czy rozporządzeniach. Niemniej podatnik powinien w łatwy sposób uzyskać informację co powinien zrobić, gdy nie działa profil zaufany. Przykładowo, w komunikacie o braku dostępu do profilu zaufanego powinien znajdować się link/odniesienie do alternatywnej metody logowania z wyjaśnieniem, co trzeba zrobić krok po kroku. Takie działanie jest tym bardziej pożądane, uwzględniając fakt, że świadomość podatników, którzy będą zobowiązani do stosowania KSeF po 1 kwietnia jest dużo mniejsza niż tych, którzy już go stosują od 1 lutego - dodaje.

Według Joanny Rudzkiej ewentualna awaria systemu logowania to problem nie tylko techniczny, ale i prawny.

- Z odpowiedzi Ministerstwa Finansów wynika, że awaria jednej ścieżki logowania nie oznacza awarii KSeF. Natomiast przepisy nie odnoszą się do tego typu sytuacji. To oznacza, że konieczne jest jednoznaczne stanowisko MF w tej sprawie – mówi Joanna Rudzka.
 

źródło: www.prawo.pl